生物緩沖液是一種能在加入微量酸/堿時保持溶液的pH值相對穩定的溶液。生物緩沖液的pH值范圍根據其pKa值決定。該pKa值定義為50%的分子為酸式結構，50%為堿式結構時的pH值。關于生物緩沖液的一個常規原則是，其pH值應保證在pKa值左右1個pH值單位范圍內，從而保證其具有良好的緩沖能力。如此可以保證同時有足夠的以酸式結構和堿式結構存在的分子在加入H+或者OH-時可以將它們中和。這樣，緩沖液就可以防止pH變化導致的蛋白質穩定性改變。

　　很多物質都可以用于生物緩沖液。經常使用的緩沖液成分通常具有接近中性的pKa值，可在生理pH值范圍左右使用。下面將列出了3種常用的生物緩沖液、各自的pH值應用范圍及各自可能對蛋白質純化過程產生影響的優缺點。為保證足夠的緩沖能力，這些緩沖液的濃度通常為25mM。

　　MOPS緩沖液：PH范圍在6.5-7.9，不能進行高壓滅菌處理，PH值一定程度上隨溫度變化，在生理PH值范圍內具有高緩沖能力。

　　HEPES緩沖液：PH范圍在6.8-8.2，不能進行高壓滅菌處理，PH值一定程度上隨溫度變化，一定條件下會生成自由基。

　　TRIS緩沖液：PH范圍在7.5-9.0，PH值在一定程度上隨溫度或稀釋程度變化，會對部分酶活性造成影響，紫外無吸收，價格便宜。

　　緩沖溶液的作用是在有限的范圍內調整溶液的pH值使待測溶液的酸度符合分析方法所規定的范圍，比如，苯酚在堿性介質及鐵氰化鉀存在下，可與4-氨基安替比林反應生成橙紅色的安替比林染料，為了防止芳香胺類的干擾以pH在10士0.2時最為適宜。為此，就需要在待測溶液中加入氨一氯化錢緩沖溶液調整和控制待測溶液的pH為10.0士0.2。